Диригентската му кариера започва от Русенската филхармония през 1976. През 1977 става лауреат на конкурса за млади диригенти“Николай Малко” в  Копенхаген.От 1979 до 1988 ръководи камерен ансамбъл “Софийски солисти”, а в периода 1985-2000 е начело на Софийската филхармония.

От 1994 до 1999 е и главен диригент на Белградската филхармония. През 1997 е министър на културата, от 1999 до 2004 е музикален и артистичен директор на Новогодишния музикален фестивал – София. В периода 2002 – 2008 оглавява Симфоничния оркестър на Билкент - Анкара. От края на 2008 до края на 2015 е последователно директор на дирекция Музикална продукция и състави на БНР и главен диригент на Симфоничния оркестър на Българското национално радио.

Гастролирал е сам и с ръководените от него оркестри в почти всички европейски страни, както и в САЩ, Австралия, Канада, Япония, Южна Корея, Сингапур, Тайван, Бразилия, Южна Африка  и др.

Изнасял е концерти с  Националния оркестър на Франция, Филхармоничния оркестър на Радио Франс, Националния оркестър “D’ile de France”, Националните оркестри на Лил, Лорейн, Авиньон, Нант, Кан, симфоничните оркестри на Арена ди Верона, “Чайковски” на Московското радио, “Нова Русия”, оркестрите на Вестфален, Бохум, Сеул, Токио, Рио де Жанейро, Сао Паоло, Монтерей.Канен е от Филхармония ,Джордже Енеску” Букурещ, Македонската филхармония Скопие, Атинския филхармоничен оркестър, Държавния симфоничен оркестър на Истанбул, Симфоничния оркестър “Борусан” в Истанбул, Президентски симфоничен оркестър на Анкара и много други.

Репертоарът на Емил Табаков се отличава с голямо разнообразие от оперни и симфонични произведения от всички музикални епохи.Осъществил е записи на повече от 250 симфонични и оперни произведения за Балкантон (България), Елан (САЩ), Капричио Делта (Германия), Мега-Мюзик (България), Пентагон (Холандия), Гега Ню (България), EMI, Naxos и др.

Автор е на девет симфонии, концерти за оркестър, концерти за различни инструменти, Реквием по латински текст, камерни и солови проиведения. Повечето от тях са написани по поръчка на фестивали и известни изпълнители. издадени са на CD за звукозаписни компании - Naxos, Gega, Balkanton, отличени са с национални награди и са често изпълнявани в България, Германия, Португалия, САЩ, Япония, Финландия, Франция, Австрия, Турция и др.