Щефан ФРУХТ започва да свири на цигулка на 5-годишна възраст, дебютира с оркестър с един от концертите на Вивалди, когато е на 8. Завършва Висшето училище по музика в Хановер при Йенс Елерман, след което заминава за Берлин, където специализира в Университета по изкуствата в класа по цигулка на Томас Брандис. След получаването и на тази диплома, Щефан Фрухт вече се насочва към дирижирането, постъпвайки в академията „Ханс Айслер“, където негов преподавател е Ролф Ройтер. И оттогава до днес пътят му е свързан с диригентския пулт.
Печели редица отличия и стипендии на различни музикални форуми – награда от конкурса на радиостанциите и телевизиите в Берлин, от Асоциацията Рихард Вагнер, стипендии от Фондацията Конрад Аденауер и академията Карл Флеш. Бах, Моцарт, Шуберт, Бетовен и Брукнер са в центъра на неговия репертоар, но обръща специално внимание и на съвременни композитори като Виктор Улман, Фридрих Гулда и Манфред Троян. Те, от своя страна, създават нови творби, които Фрухт дирижира.
Има много записи в различни европейски радиостанции, както и поредица от дискове, записани с оркестрите в Мюнхен, Берлин и Лайпциг, както и с Оркестъра на академията Караян към Берлинската опера, с Дойче опер Берлин, с Немския симфоничен оркестър в Берлин, с Мюнхенския камерен оркестър, с оркестри в САЩ и Китай. В тези албуми солисти са Албрехт Майер, Кристоф Ешенбах, Радослав Шулц, Венцел Фрухт, Дениъл Хоуп.
Щефан Фрухт е почетен професор във Висшето училище по музика в Карлсруе и гостуващ лектор в Harvard Kennedy School в Кеймбридж. Той е и артистичен директор на Програмата за изкуства на Сименс.